Een biologische marker is iets wat kan worden gemeten en wijst op de aanwezigheid van een ziekte, een fysiologische verandering, respons op een behandeling of een psychische aandoening. Zo worden glucosespiegels gebruikt als biomarker bij de behandeling van diabetes en kunnen afbeeldingen van de hersenen informatie opleveren over de progressie van multipele sclerose.
Biomarkers worden binnen veel wetenschappelijke terreinen gebruikt. Ze worden op verschillende manieren in verschillende fasen van de ontwikkeling van geneesmiddelen gebruikt, zoals in sommige gevallen als surrogaateindpunt om het effect van interventies, zoals geneesmiddelen, in onderzoeken aan te tonen en te meten.
Zo is het hemoglobinegehalte in fase III-onderzoeken gebruikt ter ondersteuning van therapieën voor de ziekte van Gaucher type 1 (een zeldzame ziekte die meerdere orgaansystemen aantast en de levensverwachting bekort, maar waarbij het jaren kan duren voordat er veranderingen in klinische symptomen zichtbaar worden).