In een prospectieve meta-analyse wordt alleen gebruikgemaakt van onderzoeken die zijn aangewezen en geselecteerd voordat hun resultaten bekend zijn. Hiermee wordt een aantal problemen voorkomen die kenmerkend zijn voor meta-analyses. Meta-analyses worden meestal uitgevoerd wanneer individuele onderzoeken zijn afgerond. Maar het verzamelen van onderzoeken nadat ze zijn afgerond, kan leiden tot statistische problemen. Als een meta-analyse bijvoorbeeld wordt uitgevoerd vanwege kennis over een bepaald positief onderzoeksresultaat, kan dit beïnvloeden hoe andere studies voor de meta-analyse worden gekozen en vertekening in de analyse veroorzaken. Daarom worden er prospectieve meta-analyses uitgevoerd.