Het protocol van een klinisch onderzoek is een document met: De doelen (doelstellingen) van het onderzoek De opzet van het onderzoek, inclusief: Hoe deelnemers worden geselecteerd; Hoeveel deelnemers nodig zijn; Welke maten en eindpunten worden gebruikt; en Hoe vertekeningen worden beperkt Hoe de veiligheid van de deelnemers, en de vertrouwelijkheid van hun gegevens wordt gewaarborgd Hoe de gegevens worden geanalyseerd Hoe de verslaglegging van het onderzoek plaatsvindt Het protocol is uiterst belangrijk voor het uitvoeren van een klinisch onderzoek; er wordt regelmatig naar verwezen gedurende het onderzoek en de algehele ontwikkeling van het geneesmiddel.
Een protocol is een gedragsovereenkomst, meestal in de vorm van een aantal uit te voeren stappen. Er bestaan verschillende typen protocollen, zoals communicatieprotocollen, computerprotocollen, wetenschappelijke protocollen, medische protocollen, ceremoniële protocollen, ethische protocollen en verdragsprotocollen.