Om eiwitten te produceren worden genen eerst ‘getranscribeerd’ tot boodschapper-RNA (mRNA). Het transcriptoom is het geheel aan boodschapper-RNA-moleculen in een specifieke cel of een specifiek weefsel op een bepaald moment. Door het transcriptoom te analyseren kunnen onderzoekers achterhalen wanneer elk gen aan- of uitstaat in een cel of weefsel, hoe dat celtype normaal functioneert, en hoe veranderingen in de normale activiteit van het gen kunnen worden verstoord door ziekte of bijdragen aan ziekte.
Het transcriptoom omvat alle RNA-moleculen in een cel, een populatie van cellen, of een organisme, die in verband staan met de transcriptie. In tegenstelling tot het genoom, dat min of meer constant van samenstelling is gedurende de levensduur van een cel of organisme, kan de samenstelling van het transcriptoom actief gewijzigd worden afhankelijk van ontwikkelingsstadia en invloeden vanuit de omgeving.